[求助讨论] 能量最小化过程所得结果有问题 能量, 结果

suny2005

我用自己写的top文件和用genbox产生得gro文件做能量最小化，log文件显示正常结束，可我用vmd观察轨迹文件时看到了这样的图

这样是不是不对啊！为什么会这样？

msfm

check一下是不是跟你的初始 gro 文件有关

iamjoan0928

看上去应该是单位问题引起的

suny2005

to msfm, 我的初始结构看起来没有问题啊！
to iamjoan0928，什么单位问题？能说具体点吗？
谢谢！

suny2005

我还想问一下，体系盒子的大小如何确定？是和密度有关吗？怎样的盒子大小是合适的？

iamjoan0928

是不是你的坐标单位是anstrom阿，尤其是中间那一坨

suny2005

   嘿嘿，第一次产生的盒子我没有注意单位问题，我根据体系的密度得到的盒子大小，单位用的是埃，结果得到了上面的图形。今天我注意到这个问题，在产生初始结构的时候用的是单位nm，可是我做能量最小化得到gro文件，发现盒子中的一些分子纠缠到一起，而且用VMD根本就打不开.xtc文件，一打开，vmd就会自动关闭。打开trr文件图形是这样的，好像也不对啊！到底是什么问题呢？
  我的输入文件是这样的
cpp                 =  /usr/bin/cpp
constraints         =  none
integrator          =  steep
nsteps              =  400
;
; Energy minimizing stuff
;
emtol               =  1000
emstep              =  0.01
nstcomm             =  1
ns_type             =  grid
morse               =  no
coulombtype         =  PME
vdw_type            =  Shift
nstlist             =  5
rlist               =  1.2
rvdw                =  1.0
rvdw_switch         =  0.9
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
fourierspacing      = 0.12
; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
fourier_nx          = 0
fourier_ny          = 0
fourier_nz          = 0
pme_order           = 4
rcoulomb            =  1.2
DispCorr            =  EnerPres
Tcoupl              =  no
Pcoupl              =  no
gen_vel             =  no
应该没问题吧！

iamjoan0928

你这图真是够炫的哈
你再检查一下你的力场文件
谁能解决这个问题奖励2点讨论指数哦！

wjy2003

我是来给楼主帮顶的

04023

你把能量优化后的最后输出的坐标文件. GRO 在VMD中看一下 是否正常
如果还是很怪的话 那就是你力场参数的问题了 检查一下你的.itp文件 是否都正确