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嘿嘿,第一次产生的盒子我没有注意单位问题,我根据体系的密度得到的盒子大小,单位用的是埃,结果得到了上面的图形。今天我注意到这个问题,在产生初始结构的时候用的是单位nm,可是我做能量最小化得到gro文件,发现盒子中的一些分子纠缠到一起,而且用VMD根本就打不开.xtc文件,一打开,vmd就会自动关闭。打开trr文件图形是这样的,好像也不对啊!到底是什么问题呢?
我的输入文件是这样的
cpp = /usr/bin/cpp
constraints = none
integrator = steep
nsteps = 400
;
; Energy minimizing stuff
;
emtol = 1000
emstep = 0.01
nstcomm = 1
ns_type = grid
morse = no
coulombtype = PME
vdw_type = Shift
nstlist = 5
rlist = 1.2
rvdw = 1.0
rvdw_switch = 0.9
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
fourierspacing = 0.12
; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
fourier_nx = 0
fourier_ny = 0
fourier_nz = 0
pme_order = 4
rcoulomb = 1.2
DispCorr = EnerPres
Tcoupl = no
Pcoupl = no
gen_vel = no
应该没问题吧!
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