我打算用Gromacs做一个25000ps的动力学模拟，但这样一来，计算量和机时就很大，输出文件也非常大，万一算得过程中机器出了问题，就更糟糕了。所以我想问一下，Gromacs里能够实现分段计算（我打算每次算50ps）吗？如果能够，该如何操作？谢谢！

写个脚本，每次跑完一定时间后，调用tpbconv用-extend延长一定时间生成新的tpr，接着跑，如此反复

是不是指这么做：
先做完一个 mdrun -v -s md.tpr -o md.trr -c afmd.gro -g md.log
得到afmd.gro和md.trr，
然后用tpbconv -f md.trr -s md.tpr -extend 100 -o md1.tpr
再用 mdrun -v -s md1.tpr -o md1.trr -c afmd1.gro -g md1.log -e ener1.edr
然后再重复上面两步，改一下生成的坐标文件和轨迹文件的名字就行了？

PS1：是不是用了tpbconv 命令后就不用grompp命令了？
PS2：脚本文件是不是指将上面运行的命令写入一个文本文件，再转化为可执行文件,之后./加后台&运行就可以了？
PS3：生成的新的trr文件是不是只包含后来运行的新的轨迹信息，而不包括原来的轨迹信息(我怕轨迹文件过大)
问题比较多，麻烦了，多谢！

[ 本帖最后由 ter20 于 2008-5-14 15:14 编辑 ]

只包含新的轨迹不包括原来的
不用grompp了
tpbconv生成新的tpr要读入上一步跑轨迹生成的edr能量文件

所谓的脚本，主要是免得手动重复这几步，太麻烦，写个带循环语句的小脚本就方便了。看看shell编程，很好编

多谢ls啊，原来还要读edr能量文件，真是太感谢了！

我的Gromacs版本是3.1.4，重装了也没用，结果tpbconv没有-e这个选项，不过也能做，不知道对结果有什么影响。
还有就是如果不用-extend 命令，用tpbconv 得到新的.tpr文件后，用mdrun运行，是不是取的是md.mdp文件里的计算步数和计算时间，和第一次一样？还是在原来的基础上，再加一段指定的计算时间（这样不是会造成每一步的计算时间都在增长吗？）？

用-e的话，可以让控温控压更好地连续。
如果什么参数都不加，读入已经跑完设定时间的tpr和trr，会有提示而不会生成新的tpr。如果是读入跑了一半的trr和对应的tpr，生成的新的tpr会把预设时间内没跑完的那部分跑完