我打算模拟在200个癸烷基三甲基氯化铵分子和8000个水分子体系中，癸烷基三甲基氯化铵分子之间的相互作用，主要是聚集成胶束的作用。有两个问题：
1、在建模构建盒子时，是直接在通过 genbox …… -ci ……-nmol 199…… 的命令，在盒子里放入200个癸烷基三甲基氯化铵分子，在通过genbox …… -cs 命令加入溶剂分子（但这样得到的盒子里癸烷基三甲基氯化铵分子应该会很挤，似乎不对）；  还是先通过genconf …… -nbox 5…… 命令对单个的坐标文件进行堆叠（因为只能是立方堆叠，所以只能用5*5*5的堆叠方式），得到125个癸烷基三甲基氯化铵分子，再通过editconf 命令建盒子，genbox命令加溶剂分子；   或是先用editconf 命令建好一个只含一个癸烷基三甲基氯化铵分子的盒子，在通过genconf堆叠，在用genbox命令加溶剂分子？

2、如何通过genbox 命令加入指定数目的水分子，用了-ci h2o -nmol 8000 和-ci spc216.gro -nmol 8000都行不通，都报错，说找不到h2o.gro和spc216.gro，所以只能用-cs命令让程序自动加某一数目的水分子，真没办法

检查下你的该文件夹中是不是包含了h2o.gro、spc216.gro，以及大小写是不是正确呢

同意此观点：先用editconf 命令建好一个只含一个癸烷基三甲基氯化铵分子的盒子，在通过genconf堆叠，在用genbox命令加溶剂分子

我有一个想法，就是在用editconf 命令时将-d加大十倍，变成50，再直接用genbox -ci加入199个分子，不知道是否合理

-ci 是在本地目录插入一个分子，其过程只是粘贴并整合一个结构文件
-cs 才是加溶剂

指定数目的溶剂用 -cs -maxsol

多谢ls，但是我用了-maxsol这个命令，结果程序报错，不认识这个命令，我装的是Gromacs 3.3.3，手册里是有这个命令，但在程序中输入genbox -h里，就没有这个命令，真崩溃

RT

从www.gromacs.org上载了Gromacs 3.3.3.tar.gz，重装了，结果还是跟原来一样，竟然显示的是VERSION 3.1.4，崩溃了

引用:

原帖由 homeboy 于 2008-5-12 18:58 发表
-ci 是在本地目录插入一个分子，其过程只是粘贴并整合一个结构文件
-cs 才是加溶剂

指定数目的溶剂用 -cs -maxsol

我用的是gromacs也没有-maxsol 这个选项呢：
      -[no]h   bool    yes  Print help info and quit
       -nice    int     19  Set the nicelevel
        -box vector  0 0 0  box size
       -nmol    int      0  no of extra molecules to insert
        -try    int     10  try inserting -nmol*-try times
       -seed    int   1997  random generator seed
       -vdwd   real  0.105  default vdwaals distance
      -shell   real      0  thickness of optional water layer around solute

为啥呢？

另外，我觉得用-ci加入溶剂分子也是可以的！

我在用 -ci 加水分子时，当加到了960左右个水分子后就会报错，搞不懂。所以我打算用-cs加完后，在手动去除水分子，因为-cs一加就是几万个水分子，恐怖

请问版主，我在一个盒子里放200个溶质分子，可以吗？会不会模拟效果不好？因为我看文献上只说，他模拟的体系是200个SDS分子和7902个水分子，不知道是不是在一个盒子里，请教版主的意见

肯定是在，注意浓度和实验值的比对，你的gmx版本明显不对，具体原因只有你知道了

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